Институт Франклина был основан Уильямом Г. Китингом и Самюэлем ван Мэрриком 5 февраля 1824 года. В 1825 году он начал работу как музей в своем оригинальном здании (сейчас это музей Атвотер Кент) и переехал в 1934 году на бульвар Бенджамина Франклина.

В 1870 году после того, как Октавиус Като, филадельфийский учитель и активист, стал членом правления, учреждение было интегрировано в Институт.

Для создания нового Института и его мемориала средства выделили клуб «Poor Richard», «Тhe Benjamin Franklin Memorial, Inc.» Городской совет доверия и Институт Франклина.

Дизайн площади, где находится статуя Бенджамина Франклина, как и оригинальный дизайн самого здания был разработан Джоном Т. Уиндримом.

С декабря 1929 и по июнь 1930 года, даже не смотря на Великую депрессию, на строительные работы было потрачено больше 5 миллионов долларов. Однако вместо запланированных Уиндримом четырех, получилось построить только два крыла здания.

Многие известные ученые смогли продемонстрировать в Институте Франклина новые технологии. Так, в 1893 году Никола Теслав показал принцип беспроводной телеграфии, в 1934 году Фило Тэйлором Фарнсуортом была проведена первая публичная демонстрация электронных телевизионных систем.